Les archives ont été classées dès leur production par les secrétaires et selon les directives de Clemens Heller et de Maurice Aymard. Le classement a été maintenu dans la mesure du possible, parfois malgré quelques incohérences apparentes ou redondances.

Il s'organise de manière hiérarchique en plusieurs ensembles:

• Relations avec la puissance publique
• Suivi des implantations et des activités des MSH de province
• Gouvernance de la Fondation
• Administration de la recherche

Le dernier ensemble est le plus conséquent ainsi que le plus complexe. L'implication et l'intérêt des administrateurs adjoints pour certains sujets plutôt que d'autres trouvent leur expression matérielle dans les archives qu'ils ont laissées : si dans l'ensemble les dossiers ont été constitués et utilisés en commun, certains ne l'ont été que par un administrateur adjoint. Par exemple Clemens Heller suivait de très près l'évolution de certaines disciplines (psychologie, etc.). Les dossiers ont été alimentés par Maurice Aymard lorsqu'il était administrateur, certainement par commodité, ce qui explique la présence de documents postérieurs à 1992.