En 2007, la Fondation Maison des sciences de l'homme a créé et porté l'Institut d'études avancées de Paris avec l'appui de l'Ecole des hautes études en sciences sociales et de l'Ecole normale supérieure Ulm, dans la continuité d'un Programme international d'études avancées (PIEA, 2001-2007). Depuis, elle a assuré son développement et son hébergement, boulevard Raspail puis au France, ainsi qu'à la Maison Suger.

L'IEA de Paris s'est renforcé en devenant en 2011 une association Loi 1901 regroupant 13 universités et grands établissements de recherche et d'enseignement supérieur d'Ile-de-France. En novembre 2013, l'IEA de Paris s'est établi dans l'Hôtel de Lauzun, sur l'Île Saint-Louis, avec le soutien de la Ville de Paris et de la Région Ile-de-France.

L'Institut accueille des chercheurs de renommée internationale, qu'il accompagne en organisant des séminaires, colloques et réunions scientifiques, de préférence avec le concours de collègues français. La durée des séjours varie de cinq à neuf mois. Chaque candidature est soumise à une évaluation approfondie, fondée sur l'excellence du projet et la carrière du chercheur.